دانلود

دانلود

دانلود مجموعه ای از مطالب در این خصوص

دانلود برنامه برای محاسبات مربوط به درخت زندگی

1.  the development of algorithms and statistics with which to assess relationships among members of large data sets,
2.  the analysis and interpretation of various types of data including nucleotide and amino acid sequences, protein domains, and protein structures, and
3.  the development and implementation of tools that enable efficient access and management of different types of information.

دانلود

دانلود

(Computational Biology)

Amazon

Phylogenetic supertrees: Combining information to reveal the Tree of Life

This is the first book on phylogenetic supertrees, a recent, but controversial development for inferring evolutionary trees. Rather than analyze the combined primary character data directly, supertree construction proceeds by combining the tree topologies derived from those data. This difference in strategy has allowed for the exciting possibility of larger, more complete phylogenies than are otherwise currently possible, with the potential to revolutionize evolutionarily-based research. This book provides a comprehensive look at supertrees, ranging from the methods used to build supertrees to the significance of supertrees to bioinformatic and biological research. Reviews of many the major supertree methods are provided and four new techniques, including a Bayesian implementation of supertrees, are described for the first time. The far-reaching impact of supertrees on biological research is highlighted both in general terms and through specific examples from diverse clades such as flowering plants, even-toed ungulates, and primates. The book also critically examines the many outstanding challenges and problem areas for this relatively new field, showing the way for supertree construction in the age of genomics. Interdisciplinary contributions from the majority of the leading authorities on supertree construction in all areas of the bioinformatic community (biology, computer sciences, and mathematics) will ensure that this book is a valuable reference with wide appeal to anyone interested in phylogenetic inference.

«چهل سالگی» روایت رویارویی با خود

 تحلیلی از فیلم چهل سالگی با نگاهی به روانشناسی یونگ

و داستان اول مثنوی معنوی مولانا

 ...از دیدگاه روانشناسی یونگ چهل سالگی (کم و بیش) آغاز بحرانی میانسالی است. کم کم تمام احساسات و عواطفی که در طول چهل سال گذشته سرکوب شده بودند، همه با هم انرژی میگیرند و برعلیه پادشاه وجود (که من یا ego شخص باشد) قیام میکنند. هرچه سرکوب در طول سالهای گذشته شدیدتر بوده، قیام عواطف و احساسات شدیدتر و وحشیانه تر است. گویی تمام لایه های وجود شخص برای رسیدن به تعادل الهی خود با یکدیگر اصطکاک پیدا میکنند و زلزله ای در روان رخ میدهد تا تمام انرژی های سرکوب شده آزاد شوند و انسان به تعادل الهی خود بازگردد

 نگار در جوانی دانشجوی موسیقی بوده. ویولن سل می نواخته و آهنگ می ساخته و عاشق همکلاسی جوان خود‏ - که گویا در موسیقی از همان ابتدا چیره دست و برتر بوده است- آن قدری که نگار قطعه های خود را به او نشان میدهد و تشنه تایید و ستایش اوست

اگر بخوام مجددا گریزی به دیدگاه پروفسور کارل گوستاویونگ داشته باشم باید خاطر نشان کنم که اگرچه صرف عشق از نظر وی رازی ست که هرگز قابل کشف و تحلیل نیست و ترجیح میدهد توصیف و تفسیر آن را به نویسندگان و شعرا و عرفا واگذار کند، اما علت عاشق شدن را فرافکنی روح (projection) میداند، بدین معنا که انسانها در تمام طول زندگی خود نیازهای روانی و الهی و عاطفی بسیاری دارند که گاه حتی خود نیز از آن با خبر نیستند،‌ بعد الهی انسان (که آن را با ناخودآگاه جمعی می نامند) در تلاش است تا خود را به قسمت آگاه فرد نشان دهد،‌وقتی ارتباط شخص با خویشتن قطع باشد و متوجه نیازها و انرژی های روانی خود نباشد، نا خودآگاه انسان در دنیای بیرون سعی میکند تا نمود خود را پیدا کند،‌خود را روی شخص خارجی دومی فرافکن میکند و به شخص اول نشان میدهد. فرد که تصویر خود را در آینه شخص دوم دیده (نظیر رابطه شمس و مولانا) به طور معجزه آسا و رمزآلودی عشاق وی میدشود. غافل از آنکه وی عاشق تصوی خود روی شخص دوم شده. هرچند شاید این تفسر از عشق کمی نا امید کنند باشد اما از نظر یونگ، ما در اوج عاشقی، در اوج خودپرستی هستیم!...

...فرد با ”رستاخیز سایه ها“ مواجه می شود.خدا، کائنات و جهان هستی تصمیم میگیرند که «نگار دیگر بس است! اگر تو تصمیم نداری کاری برای خودت کنی ، ما کاری میکنیم که با خودت رو به رو شوی»...نگار از کارش راضی نیست، از زندگی اش خوشحال نیست، نگار تازه یادش افتاده که خودش نیست!...

فرهاد به دستور استادش نگار را با کوروش تنها میگذارد، تمام هزینه اش را (با تمام دردش) می پذیرد، می ایستد از دور نگاه میکند و اجازه میدهد نگار مواجه شود با کوروش (با خودش) اجازه میدهد نگار انتخاب کند. عشق کوروش را یا عشق فرهاد را...نگار این چیزها را نمیداند. نگار هیجان و سوزش دوباره زخم قدیمی را دارد. نگار مواجه است با عشق کوروش و تعهد فرهاد. فکر میکند باید سرد و خشک و رسمی برخورد کند با عشق کوروش با به تعهد فرهاد خیانتی نکرده باشد. فکر میکند باید فرار کند از بودن در گروه موسیقی کوروش (با آنکه نمی تواند مقاومت کند در برابر انرژی عظیمی که فعال شده و می پذیرد)

آنچه نگار نمیداند چهره دیگر دو انتخاب است که هر دو عظیم و با شکوه است. کوروش، جنبه ای از روح خود نگار است که سالها سرکوب شده بوده و نگار به آن نیاز دارد، نگار تنها با توجه کردن و زندگی کردن آن بعد وجودش متعالی خواهد شد و فرهاد، عشقی عظیم، حقیقی و پایدار است که همه این سالها در کنار نگار بود و فقط کافی است نگار ببیندش و حسش کند و در آن غوطه ورد شود.

نگار کم کم خودش را در سازش پیدا میکد، آن چیزی که سالها فکر میکرده تنها در کوروش است و فقط در کوروش دیده بوده را در خودش پیدا میکند.

دانلود لینک۱

دانلود لینک ۲

روایتی امروزین از داستان کنیزک و پادشاه مولوی

«چهل سالگی» مرز میان بلوغ روحانی و خاطرات جسمانی است. خیلی‌ها در این دوره یاد گذشته می‌كنند و عشق‌های قدیمی‌شان را به یاد می‌آورند و قصه‌هایشان را مرور می‌كنند. و شاید برای بچه‌های‌شان بخوانند: «روزی پادشاهی در میان مردم چشمش به دختر جوانی افتاد و عاشق او شد. پادشاه تا دختر را به قصرش آورد دختر بیمار شد. هیچ‌كدام از طبیب‌های شهر نتوانستند بیماری دختر را تشخیص دهند. پادشاه دست به دعا برداشت و در خواب طبیب پیری را دید...»  

«چهل سالگی» داستان عشق سودائی است که عقیم مانده و پس از 20 سال احیا می‌شود، اما در شرایطی که همه چیز تغییر کرده است. قهرمان فیلم زنی 35 ساله به نام نگار است که از زندگی عادی خود دلزده است و بازگشت عشق سال‌های جوانی او را در موقعیتی چالش‌برانگیز قرار می‌دهد.
به این ترتیب، نگار زنی است که با مختصات عام چهل سالگی و گذشته‌ای خاص باید آزمونی سخت را بگذارند تا بفهمد از زندگی چه می‌خواهد. بالتبع این موقعیت با توجه به همه خط قرمزهائی که دارد از درام‌پردازی بر بستری واقعی آمده و همین نکته می‌تواند به باورپذیری و همذات‌پنداری مخاطب با آن دامن بزند.
روایت به گونه‌ای طراحی شده که در عین پیشرفت روند خطی داستان که با آمدن کوروش کیان شکل می‌گیرد، گذشته هم به گونه‌ای متقاطع از نقطه نظر شخصیت‌های اصلی یعنی نگار، فرهاد و کیان روایت می شود. در واقع تکمیل شدن روایت زمان گذشته است که می‌تواند رابطه زمان حال این سه نفر را شناسنامه‌دار کند و البته قضاوت مخاطب را نسبت به موقعیت زمان حال آنها به چالش بکشد.
بخصوص در مورد شخصیتی مثل کیان که در جوانی نگار را ترک کرده و به خارج رفته و حالا برای اجرای یک کنسرت به ایران بازگشته است. همانطور که موقعیت فرهاد (محمدرضا فروتن) در زمان حال به عنوان شوهری عاشق و مطلق به واسطه نقش تعیین‌کننده‌ای که در جدائی نگار و کیان در گذشته داشته، به گونه‌ای تعدیل می‌شود.
فیلم در عین پیگیری این خط اصلی با محوریت رمان، نگاهی هم به قصه «پادشاه و کنیزک» مثنوی مولوی دارد و با تلفیق این دو خط داستانی قصد دارد فیلم را واجد لایه‌های عمیق و درونی‌تر کند.

دانلود

گل زندگی نگاره ای است که می توان آن را در همه ی بنا های تاریخی بزرگ دنیا دید.و در بسیاری از فرهنگ ها آن را نشانه ی آفرینش می دانند آفرینشی که از این ذره نشات میگیرد و همه چیز از اندیشه ی خالق شکل گرفت بعد از خلق دانه ی زندگی این خلقت با آزمون و خطا ادامه پیدا کرد تا به آفرینش تخم زندگی egg of lifeمنجر شد. این نشان کاربرد های زیادی برای جهان امروز دارد که می توان به استفاده از الگوی آن برای تولید ابزار موسیقی,تله پاتی مرکابا و حتی در سیستم خون بدن انسان اشاره کرد.اگر ما این خلقت ذره ای را ادامه دهیم به گل زندگی خواهیم رسید  .

گل زندگی رازی را محفوظ کرده است که از 13 دایره  تشکیل شده است.اما با کشف این راز خواهیم توانست پنجره ی جدیدی رو به علوم آینده باز کنیم و سعی داریم در این وبلاگ پرده از اسرار این نشان برداریم.اما این تازه قسمتی از یک سیستم است سیستمی که به آن میوه ی زندگی میگویند.که دانشمندان حدس میزنند با آن بتوان راه تله پورت در فضای واقعی را پیدا کرد.اما مهم اینجاست که امروزه ما توانسته ایم گل زندگی کامل را که شامل 19 دایره و 36 نیم دایره است رمز یابی کنیم. معبد آزیریس در آبیدوس مصر اولین جایی است که این نشان پیدا شد.اما در ابتدا به عنوان نماد ودجت اودجت شناخته شد.مدل های دیگر این گل را میتوان در ایران,فنیقیه,هند,آشور و ... یافت.

از جمادی مردم و نامی شدم     وز نما مردم به حیوان برزدم

درعرفان ايران زمين، گزارش هاي زيادي از پرواز جسم يا راه رفتن روي آب وجوددارد. در يكي از اين روايات كه مربوط به « مولوي » عارف و فرزانه بزرگ ايرانيست، مي خوانيم،...
ين حالت يكباره فرد ، هويت و فرديت خود را از دست مي دهد و تنها يك احساس غريبي باقي مي ماند ، هشياري بسط يافته و نامحدود . شخص حس مي كند در همه جا گسترش يافته و با همه چيز يكي شده...در اين حالت ، شخص در هوشياريهاي مختلف و حالت هاي متنوع زندگي ، حالت وحدت گونه ذهني را خواهد داشت و دراينجاست كه به قولي شاهد و مشهود يكي مي شود....جوزف ويد از طريق مصاحبه با پرواز كنندگان دريافت:آنهايي كه توفيق پرواز را داشته اند ، مي گويند پس از آنكه يكبار بتوان پرواز كرد تكرار آن چندان مشكل نيست ، تا حدي مثل يادگيري شنا كردن...

در هر فلکی مردمکی می بینم        هر مردمکی را فلکی می بینم
احوال اگر یکی، دو می بینی تو            بر عکس تو من دو را یکی می بینم

(دیوان شمس-رباعی ۱۲۲۶ )

این بیت ، منتخبی است از اشعار فصیح جلال الدین مولوی که در آن اشاره صریح به ذات فرکتالی پدیده های عالم دارد. استفاده از واژگان فلک و مردمک آنچنان ماهرانه است که در بیانی قاصر، امکان بررسی همه ابعاد مسئله میسر نخواهد شد. فلک تمثیلی است از اوج تکوین پدیده های مادی و مردمک (یا همان مردم دیده) ، معیار بصری کوچک و در عین حال توانمندی است که از پشت دریچه آن قادر به دیدن افلاک می شویم. تضاد میان فلک و مردمک ، تضاد آشکار مقیاس هاست؛ که چنانچه میدانید یکی در ابعاد جهانی (ماکروسکوپیک) و دیگری در اسارت جزء (میکروسکوپیک) است. حال در هر فلک مردمی دیدن و مردم چشم را همچون فلک انگاشتن ، رازی است سر به مهر که در اصول هندسه فرکتالها به خاصیت مستقل بودن پدیده های متناظر از قالب ستجش های فضا - زمانی معروف شده است (Scale Independent). 

بیایید از دریچه کلام مولانا، اصول هندسه فرکتال را تبیین و با اصول پذیرفته شده در کتب علمی معتبر (متن آبی) مقایسه نماییم؛  :

۱- فلک و مردمک دو پدیده متناظرند که تتها در افق دید ناظرانشان متفاوت می نمایند.

 (اصل اختلاف مقیاس مولفه های ذاتی با مولود فعلی سامانه  آشوبناک - Different Magnifications).

۲- صرف نظر از محدودیت دید ناظران ، فلک همان مردمک و مردمک همان فلک است.

(اصل استقلال از مقیاس پدیده های طبیعی - Scale Independency). 

۳- فلک را مردمک و مردم را فلک دیدن امر محالی نبوده و نیازمند کسب بصیرت است. 

( اصل دانش محوری ، ضرورت استنتاجات فرکتالی - Knowledge Based Principals ).

۴- افلاک و مردمک ها در چرخه ای از پدید ه های متناظر قرار دارند و اشاره به واژه "هر فلک - هر مردمک" تاییدی بر تعدد پدید ها در سامانه های تکرار پذیر است.

 (اصل تکرار پذیر بودن موافه های فرکتالی - Iterative Properties ). 

۵- دل افلاک چون بشکافی      مردمی در میانش بینی (از خودم) :

این بیت بدل از شعر معروف هاتف اصفهانی است ( نگاه کنید به قسمت اول همین سلسله گفتار)، که در آن  اشاره صریح دارد بر اصل اصالت مولفه های ذاتی

 (خواص مشتق ناپذیری پدیده ها در فراغ از اسارت های اقلیدسی)    

در کتاب معروف "اصول هندسی فرکتال در پدیده های طبیعی" نوشته ب.، مندلبروت (Mandelbrote, 1982)، بر سه اصل تکرار پذیری ، مشتق ناپذیری و مستقل بودن از مقیاس سنجش های فرکتالی تاکید شده و پذیرش این سه اصل را مقدم بر تحلیل روابط نمایی (Power Law Relationships) می داند.

هيچ چيزي ثابت و بر جاي نيست      جمله در تغيير و سير سرمدي است

ذره ها پيوسته شد با ذره ها            تا پديد آمد همه ارض و سماء.

ذره ها از يكدگر بگسسته شد         باز با شكل دگر پيوسته شد

ذره ها بينی که از تركيبشان            صد هزاران آفتاب آمد عيان

صد هزاران نظم و آئين خدا               علت صوري اين خورشيدها

جملگي تركيبشان زين ذره ها          تا كه روزي مي شوند از هم جدا

(مثنوی-دفتر اول) 

دانلود

برای دریافت به ادامه مطلب مراجعه نمایید

دانلود

دانلود

دانلود

دانلود

دانلود

سورة البروج‏

بِسمِ اللَّهِ الرَّحْمَنِ الرَّحِيمِ

 وَ السمَاءِ ذَاتِ الْبرُوج‏(1)     سوگند به آسمان داراي برجهاي بسيار ( 1) . 

 وَ الْيَوْمِ المَْوْعُودِ(2)              و به روز موعود ( 2) .

وَ شاهِدٍ وَ مَشهُودٍ(3)  و به همه بينندگان آن روز و به خود آن روز كه مشهود همه مي‏شود ( 3) .

 الَّذِي لَهُ مُلْك السمَوَتِ وَ الأَرْضِوَ اللَّهُ عَلي كلّ‏ِ شي‏ءٍ شهِيدٌ(9)  

خداي مقتدر حميدي كه ملك آسمانها و زمين از آن اوست و خدا بر همه چيز شاهد و نظاره‏گر است ( 9) .

إِنَّهُ هُوَ يُبْدِئُ وَ يُعِيدُ(13)    آري اوست آغازگر پيدايش عالم و او است كه بعد از فناي آن ، دوباره اعاده‏اش مي‏دهد ( 13) .

ذُو الْعَرْشِ المَْجِيدُ(15)   صاحب عرش پر عظمت ( 15) .

وَ اللَّهُ مِن وَرَائهِم محِيط(20)   و خداي تعالي از خارج وجودشان محيط به وجودشان است ( 20) .

 بَلْ هُوَ قُرْءَانٌ مجِيدٌ(21)  و اين قرآن افسانه نيست بلكه قرآني است مجيد ( 21) .

 في لَوْحٍ محْفُوظِ(22)    كه در لوح محفوظ جاي دارد ( 22) .

هله عاشقان بکوشید که چو جسم و جان نماند     دلتان به چرخ پرد چو بدن گران نماند
دل و جان به آب حکمت ز غبارها بشویید             هله تا دو چشم حسرت سوی خاکدان نماند

نه که هر چه در جهانست نه که عشق جان آنست     جز عشق هر چه بینی همه جاودان نماند
عدم تو همچو مشرق اجل تو همچو مغرب      سوی آسمان دیگر که به آسمان نماند
ره آسمان درونست پر عشق را بجنبان     پر عشق چون قوی شد غم نردبان نماند
تو مبین جهان ز بیرون که جهان درون دیده ست     چو دو دیده را ببستی ز جهان جهان نماند
دل تو مثال بامست و حواس ناودان ها      تو ز بام آب می خور چه که ناودان نماند
تو ز لوح دل فروخوان به تمامی این غزل را      منگر تو در زبانم که لب و زبان نماند
تن آدمی کمان و نفس و سخن چو تیرش      چو برفت تیر و ترکش عمل کمان نماند

 (دیوان شمس -غزل شماره 771)

در بیت اول به بدن و جسم اشاره شده که قاعدتا همان کالبد فیزیکی می باشد. در اینجا مولانا به عاشقان توصیه می کند که به همین جسم خاکی محدود تکیه نکنند. برای این منظور لازم است که آگاه باشید که بدن و کالبد فیزیکی بر روح و روان آدمی سنگینی می نماید. در صورتی که انسان بتواند بر این سنگینی غلبه نماید توانایی عروج و پرواز به آسمانها که در اینجا نماد چرخ در این خصوص بکار رفته پیدا می کند. وقتی انسان بتواند پرواز(روح) را بیاموزد به این درک می رسد که می تواند با یک سفر درونی پرواز خود را ادامه دهد. کافیست انسان پر عشق را بجنباند. عشق در اینجا کیمیایی است که برای طی این مسیر و گذر از هر مرحله به مرحله ای دیگر لازم و واجب است. عشق است که می تواند باعث شود در هر مرحله ای نیستی حاصل شده و آن نیستی در این مرحله به یک هستی جدیدی در مرحله بعدی منجر گردد. بنابراین بیهوده نباید در دنیای بیرون به دنبال آسمانها گشت و این کار را می توان با یک سفر درونی شروع کرد. وقتی پر عشق قوی شد و توانمندی پرواز در انسان رشد کرد آنگاه انسان چشم روشن بین پیدا می کند و بصیر می گردد. در این مرحله می توان دو چشم فیزیکی را بست و چشم و دیده واقعی را گشود و به معرفت شهودی رسید. این می تواند اشاره ای به چشم سوم و یا چشم معرفت باشد. اما مولوی در اینجا به این نکته مهم اشاره میکند که تن آدمی به چه منظوری وجود دارد و چرا این محدودیت بر انسان تحمیل گردیده است. تمثیلی که مولوی اشاره می کند این است که دلیل وجودی این تن همچون یک کمان است که بتوان با کمک آن تیر ادراک و معرفت و روح آدمی را به مراحل بالاتری پرتاب کند. نظیر این تمثیل را می توان به شکل دیگری و در قالب یک درخت زندگی مطرح نمود. در یک درخت ریشه که در خاک است پایین ترین مرحله وجودی هستی یک انسان می تواند باشد ولی  از همین ریشه است که اجزای یک درخت از جمله تنه متبلور می گردد تا به مراحل بالاتر شاخ و برگ و در نهایت میوه برسد. مولوی اشاره می کند که این غزل را باید با ضمیر دل خواند. درست است که مولوی این مفاهیم عالی را به زبان بیان کرده است اما وقتی با تمام وجود و از عمق ضمیر دل این مفاهیم درک گردد آنگاه نیازی به گفت و قال نیست. زیرا گفت و قال دارای محدودیتهای زیادی است و دراین صورت مقام حال حاصل می گردد و نگرانی و اضطراب ناشی از محددیتهای زبانی در این خصوص بر طرف می گردد

----مهرزاد مهراندوز----

علم را خواهی اگر آموختن...

شمع عرفان را بدان افروختن...

نزد استاد جگر سوز اثیر...

رو که تا باشد ترا چشم بصیر...

(مهرزاد مهراندوز-منظومه شمس گیلوایی)

من نه پیرم نه جوانم من نه پیدا نه نهانم

من نه گوشم نه زبانم من نه اینم و نه آنم

من نه از مردم خاکم نه پلیدم و نه پاکم…

نبض میلاد و هلاکم در درهای زمانم

من نه غیرم و نه خویشم نه به خوابم نه پریشم

از کی ام من ز چه کیشم مانده ام تا که بدانم

بال سویش چو کشیدم سنگ زد من نپریدم

درد بامش بخریدم داغ پرواز به جانم

تا صدایش بشنیدم قفل او گشت کلیدم

غیر از اون هیچ ندیدم هم خود و هم همگانم

من نه از عالم هستی نه ز اوج و نه ز پستی

نه به هوشم نه به مستی چشم هوشیار جهانم

                                            چشم هوشیار جهانم...

                                                     چشم هوشیار جهانم...

                                                              چشم هوشیار جهانم

 تصنیف استاد اصلانی :     لینک 1   لینک 2